Родился 27 апреля 1812 года в родовом поместье Тейтендорф (Мекленбург-Шверин, Германия). Учился музыке в Париже. Здесь увидели свет его первые музыкально-драматические произведения.

Написанная в 1844 году опера «Страделла» принесла ее автору крупный успех. Флотов становится популярным оперным композитором. Его славу еще больше упрочила комическая опера «Марта» (1847), в короткий срок обошедшая все европейские сцены.

Занимательный, изобилующий комедийно-игровыми ситуациями сюжет, благозвучность мелодий, использование народных (главным образом, ирландских) песен, плавная певучесть арий и ансамблей, дающих певцам возможность всесторонне выявить свои голоса, ритмическая живость — все это привлекло к опере симпатии массового слушателя.

Творческое наследие Флотова обширно. Композитором создано около 40 опер, много балетов. Кроме того, он совместно с Ж. Оффенбахом написал несколько дуэтов для виолончели и фортепиано.

Умер Фридрих Флотов 24 января 1883 года в Дармштадте.